これはWindows Vista SP2以降で起こるようですが、最近発売された[vc]Windows 7[/vc]でも再現します。
ちょうどパソコンを買い替えてアドビ系を再インストールされる場合は、ハマります。そしてこれはバグであり、サイト定義なんてしょっちゅうしないからそんなに重要じゃないので修正されるよりも運用でどうにかしろってニュアンスが感じられます。
まあ、この時期になれば、Adobe CS5を待て、という話になるのでしょうか。
「Dreamweaver CS4のサイト定義で一階層上が設定されるバグ」
個人的に使っているCS4ではこの症状は現れませんでしたが、教えている学校のDreamweaver CS4では、選んだディレクトリの一階層上が設定されるというバグが見られました。
国内サイトを探しても有益な解決策が見つかりませんでしたが、海外ではバグとして報告され、アドビのフォーラムでも同様のバグが報告されていました。
解決策としては、手動（パス打ち込み）で設定するか、意図的に一階層下のディレクトリの設定することによって可能です。
これは私も行っていましたが、もっと根本的な解決策は無いのものかと考えながら続きを読むと、アドビフォーラムで報告されていました。
報告では、この症状はCS4だけでなく全てのバージョンで、VistaのSP2で発生するとのことです。
現在のところ解決策は無いようですが、「サイト定義は毎日のことじゃないので、ガマンできるよ、」と結ばれていました。
Dreamweaver CS4のサイト定義で一階層上が設定されるバグより引用：
ちょっと面倒だな、って思うのですが、理屈がわかってしまえば、ささっと＋１０秒の手間だろうし、そんなに１００サイトもサイト定義することもないので、まあ、問題にならないかな、と思います。
この冬パソコンを買い替えられて、アドビ系ソフトでドリウィを移行する方は注意しておいたほうが良さそうです。
